北稜学園付属校へ通う榊宏（主人公）と、幼馴染の双子の姉妹・沙希と沙耶。
ずっと変わることのなかった三人の関係は、とある出来事から大きく変化していく――
家族と共に新しい街に移住する。
姉のために移住した街でとある少女に出会い、
仄かな恋の予感を覚えた少年は、
怪しげな団体に属する少女と姉を 救い たいと願う。
過酷な現実からの 救い を求める少女たちと、
そんな彼女たちを 救い たいと願う人々。
同じ 救い を目指しながら、
両者の思いはすれ違い、交わることなく、
救済 という名の 悲劇 を生んでいく──
ラブレターの中身は必ずしも手紙とは限らない……
才気に溢れ、日々の研鑽も熱心な若き助教授“真木卓哉”は、医学会が将来を期待する優秀な医師である。
その華々しい才能と、どこか神秘的で陰のある雰囲気から、憧れる女子医大生も少なくない。
そんな主人公の元に、”貴方を世界で一番愛する女より”という「ラブレター」が届いた。
よくある恋文といった内容だったが、気味の悪い事に「一片の人間の皮膚」が同封されていた。
困惑する主人公に対し、ラブレターは幾通も届き、内容は徐々に切迫したものになっていく。
そしてついに、主人公と親しい女性が嫉妬のターゲットとなってしまう。
『アナタに近づく女は、全て私が処理してあげます……』
鬼気迫る愛情が綴られた手紙には、女性の惨殺シーンを収めたビデオテープが同封されていたのだった。
狂気に満ちた恋慕に追い詰められる主人公。そして猟奇殺人事件は、主人公の隠された過去へとシンクロしていく。
そんなある日。
春休みの間、ずっと自室に引きこもっていた彼を見かねた叔父から、「そんなことじゃいかんよ。恋でもして、人との繋がりを持ちなさい。青春は一度きりしかないんだから」と、
彼の生活を脅かす一方的なルールを突きつけられてしまう。
予期せぬ事態に少年は困り果てる。
女の子なんて、真剣に付き合ったことはおろか、手を繋いだことも、言葉を交わしたこともない。
特に気になっている子はいないし、恋愛感情を持ったことさえない。
『そんな自分に恋愛ができるのだろうか……？』
小笠原から帰還して1年近くがたった。
夏のはじまり。学園3年生になった愛内周太は、まんぜんと季節の移り変わりを眺めていた。
のんきなクラスメート達。平和な毎日。帰らない恋人、「有村ロミ」。
すべてを、ただぼんやりと眺め、待ち続けていた。
そんな彼のもとに、彗星機構のリーダーである「ミコ」からの手紙が届く。
再び彼とその仲間達は、世界は、彗星にまつわる野望の中に取り込まれていく。
最後の夏が始まろうとしていた。
彼らは理樹を連れだし、いろんなものを悪役に仕立て上げ、成敗して回った。彼らは馬鹿で返り討ちばかりあったけど、とても楽しかった。彼らと一緒にいると、寂しさや痛みはやがて癒えていった。
そうして時は経ち彼らは同じ学園に入学し、今年で二年生。今日も恭介の発案の元、馬鹿を続け、彼らは青春をひた走る。
一人の少女から変わった依頼を受けた、私立探偵“時坂玲人”。
「少女ばかりが誘拐され、身体の一部と子宮を切除されて殺される」
時を同じく、巷を騒がす奇妙な猟奇犯罪の調査を時坂に依頼する、警視庁捜査課“魚住夾三”。
「櫻羽女学院」の教頭“佐伯時生”は、同学院に在籍する女学生・紫の兄・時坂に、
行方不明となった女学生二人の捜査を依頼。
結果、三つの依頼を同時に受ける形となった時坂は、情報を得るため、
櫻羽女学院に教師として潜入、そこで最初の依頼をした少女“朽木冬子”と再会する。
——増えていく犠牲者、つじつまの合わない行方不明者と遺体の数に、難航する捜査。
そして、新たな犠牲者と共に起こる新たな事件……。
終わらぬ惨劇を解き明かす鍵は、いったいどこにあるのか——?
一度疑問に思ったらその途端、足を上げるのが辛くなる。
だから、一歩、一歩、なにも考えずに、上る――
まるでモブのように無個性な主人公・心一。
学園のヒロイン・美雪とは幼馴染みだが、声をかけることもなく平凡な日々を過ごしていた。
そんなある日、友人に呼び出され向かった屋上には、
クラスで浮いている電波少女・アオイがいて……
